Običajno se siRNA analizira s kromatografijo z reverzno fazo ionskih parov (IP-RP) ali anionsko izmenjevalno kromatografijo (AEX). Različni kromatografski pogoji omogočajo analizo dvoverižnih dupleksov (nedenaturacijski) ali enojnih verig (denaturacijski pogoji).
Spodnji primer opisuje razvoj metode za nedenaturirano in denaturirano siRNA z uporabo neporozne kolone BioPro IEX QF.
Upoštevajo se različni parametri metode:
Poleg tega so opisani tudi različni parametri metode za čiščenje.